ضمن أعماله للمرحلة الثانية، يعيد مشروع الأمير محمد بن سلمان لتطوير المساجد التاريخية بناء وترميم مساجد المنطقة الشرقية وفق مجموعة من الأساليب والمناهج الفاعلة في الحفاظ على أهمية الإرث التاريخي للمساجد، وإعادة دراستها وتحليلها للوصول لأقرب صورة إلى وضعها الأصلي، عبر ترميمها وتأهيلها وفق الأصول المهنية المتبعة في أعمال التنفيذ والتشييد للمواقع الثقافية.
ويعمل المشروع على منح مسجدي جواثا، وأم زرينيق في المنطقة الشرقية هوية تاريخية وجمالية بتفاصيلها الفريدة والمميزة التي تحافظ على تاريخها الجمالي وتنقلها إلى المستقبل، عبر مراحل عدة من الأعمال الممنهجة التي تعتمد على عدد من الدراسات والأبحاث والتحليل في الأساليب الموجهة في إعادة المسجد إلى حالته الأصلية باستخدام مواد مناسبة.
ويُعد مسجد جواثا أو جواثى الذي يستهدفه التطوير برعاية هويته التراثية وهندسته المعمارية أحد أقدم المساجد التاريخية في العالم الإسلامي، إذ بُني في العام الهجري السابع، ويعتبر أول مسجد أقيمت فيه صلاة الجمعة بعد المسجد النبوي بالمدينة المنورة، وهو من بناء بني عبد القيس بعد وفادتهم الثانية من رسول الله صلى الله عليه وسلم، وتبلغ مساحة المسجد قبل وبعد الترميم 205.5 م²، كما تبقى طاقته الاستيعابية عند 170 مصلياً قبل وبعد التطوير.
وتمتد أعمال المشروع في تطوير المساجد التاريخية بالمنطقة الشرقية إلى مسجد أم زرينيق بحي العويمرية في مدينة الهفوف، وهو أحد المساجد التي تم بناؤها قبل أكثر من 100 عام، بجوار مقبرة أم زرينيق، وستزداد مساحته بعد الترميم من 30 م²، إلى 213.96 م²، فيما ستتسع طاقته الاستيعابية لـ94 مصلياً بعد أن تعطلت الصلاة فيه خلال الفترة السابقة.
ويهدف مشروع الأمير محمد بن سلمان لتطوير المساجد التاريخية لإعادة ترميم وتأهيل 130 مسجداً بجميع مناطق المملكة، وإبراز أبعادها الحضارية والثقافية من خلال الحفاظ على خصائصها العمرانية الأصيلة، وينفذ المشروع أعمال مرحلته الثانية، بتطوير 30 مسجداً تاريخياً موزعة على مناطق المملكة الـ13. بواقع 6 مساجد لمنطقة الرياض، و5 مساجد في منطقة مكة المكرمة، و4 مساجد في منطقة المدينة المنورة، و3 مساجد في منطقة عسير، ومسجدين في كل من جازان والمنطقة الشرقية والجوف، ومسجد واحد في كل من نجران، والقصيم، والباحة، وتبوك، وحائل، والحدود الشمالية.